|
|
Sekvenování genů u pacientů s karcinomem v rodinné anamnéze
MARKOVÁ, Iveta
Nádorové onemocnění je druhá nejčastější příčina smrti v České republice, z čehož 5-10 % zaujímají hereditární nádorové syndromy. Jsou způsobeny vrozenou - hereditární mutací v jedné z alel genů, kdy po druhém náhodném zásahu do druhé alely se rozvine hereditární karcinom. Důležité je rozlišení hereditárních a sporadických karcinomů z důvodu vysokého rizika dědičnosti mutovaných alel v rodině. Upozornit na to může například propuknutí nemoci v mladém věku nebo opakovaný výskyt nádoru v rodině (Kleibl & Novotný, 2003; Vorlíček, et al., 2006). Ve své práci jsem se zaměřila na analýzu a hodnocení dat získaných metodou Sangerova sekvenování. Cílem bylo nalezení mutací v níže zmíněných genech a zhodnocení jejich patogenity pomocí srovnání s databázemi. V teoretické části bakalářské práce se zabývám nádorovým onemocněním obecně, jakožto i dědičným nádorovým onemocněním. Blíže specifikuji hereditární syndrom nádoru prsu a ovarií, včetně možných genů způsobujících tento syndrom - BRCA1, BRCA2, TP53, PTEN, ATM, PALB2, dále se zabývám Lynchovým syndromem a systémem genů MMR. V neposlední řadě popisuji familiární adenomatózní polypózu asociovanou s genem APC. V praktické části jsem se zaměřila na vyšetření vybraných oblastí 18 anonymizovaných vzorků v genu PALB2 - exon 13 a v genu BRCA2 - exon 10/4 a exon 11/12. Pomocí PCR metody jsem vzorky připravila na Sangerovo sekvenování, které poté probíhalo ve firmě GenSeq s.r.o. V poslední části mé práce se zabývám analýzou a samotným zhodnocením výsledků pomocí programu BioEdit a databáze NCBI. U 5 vzorků jsem nalezla mutaci - ve 4 případech se jednalo o deleci jednoho nukleotidu s konfliktní interpretací patogenity, poslední mutace byla patogenní - způsobuje hereditární syndrom nádoru prsu a ovarií, jednalo se o duplikaci nukleotidu.
|
|
|
Role genu WT1 a dalších molekulárně-biologických abnormalit u germinálních nádorů varlat
Bakardjieva - Mihaylova, Violeta ; Boublíková, Ludmila (vedoucí práce) ; Chovanec, Michal (oponent) ; Kiss, Igor (oponent)
Testikulární germinální nádory (TGN) jsou poměrně vzácné solidní nádory dospělých. I tak postihují více než 700 mužů ročně v ČR, přičemž se většinou jedná o mladé pacienty ve věku 18-45 let. Velká část pacientů je vyléčitelná kombinací operace a chemoterapie, přesto zhruba 50 mužů ročně v ČR tomuto nádoru podlehne, a to v naprosté většině případů následkem rozvoje rezistence na chemoterapii obsahující cisplatinu. Méně častý výskyt a vysoká kurabilita jsou patrně příčinou toho, že molekulárně biologické i klinické studie se u těchto nádorů provádějí relativně zřídka, a naše porozumění biologickým procesům vedoucím ke vzniku primárního nádoru a vývoji rezistence na cisplatinu (CDDP) je stále omezené. V současné době se v klinické praxi nepoužívají žádné specifické molekulárně-biologické vlastnosti TGN, které by mohly sloužit jako prognostické nebo prediktivní faktory a přispět k lepší stratifikaci pacientů a perzonalizaci léčby. V této práci jsme studovali molekulárně- genetické pozadí vývoje TGN a rezistence na CDDP na několika úrovních. Za účelem komplexního studia vzniku cisplatinové rezistence jsme se rozhodli připravit a sekvenovat CDDP-exponované TGN buněčné linie. Dlouhodobá expozice CDDP zvýšila rezistenci 10krát v buněčné linii NCCIT, zatímco u Tera-2 nebyla dosažena významná rezistence....
|
|
|
Detekce genetických modifikací asociovaných s pankreatickým adenokarcinomem
Urbančoková, Alexandra ; Smolková, Katarína (vedoucí práce) ; Alán, Lukáš (oponent)
Pankreatický duktální adenokarcinom (PDAC) patří k nejčastějším důvodům úmrtí na nádorové onemocnění a tento trend se bude v budoucnu zhoršovat. Pěstování buněk v ex- vivo 3D kulturách ve formě organoidů představuje společně s kulturami a xenografty spolehlivý model odrážející morfologii a histologii v samotném nádoru. Nejčastěji mutované geny vyskytující se v PDAC nádorech jsou KRAS, TP53, SMAD4 a CDKN2A. Cílem práce bylo stanovit mutace vyskytující se v primárních organoidech odvozených z lidských PDAC. Za tímto účelem jsme vyhledávali studie v online genomických databázích, které obsahují data z PDAC a stanovili jsme geny a konkrétní mutace vhodné pro další analýzu. Navrhli jsme postup detekce s pomocí Sangerovi metody sekvenování, který byl optimalizovaný na buněčných liniích. S využitím metod PCR a western blotu byly stanoveny alternace v analyzovaných genech ve vzorcích odvozených od tkání pacientů, pěstovaných ex-vivo v 3D kulturách. Následně byla navrhnuta zlepšení, která by vedla k větší citlivosti detekce. Připravená mutační analýza bude využívána při analýze dalších organoidů odvozených ze vzorků PDAC pacientů a získaná data budou sloužit k stratifikaci metabolomických dat získaných z těchto vzorků.
|
|
|
Vývoj inovativního biosenzoru pro elektrochemickou detekci tumor supresorového genu TP53
Navrátil, Jiří
Diplomová práce se ve své teoretické části zabývá nádorovými onemocněními a obecným popisem tumor supresorových genů. Zvláštní pozornost je věnována genu TP53 a jeho vlivu na fungování organismu, včetně jeho produkce proteinu p53. Na základě analýzy a syntézy poznatků z odborných zdrojů byly popsány současné metody detekce uvedeného genu a to zejména imunologické a elektrochemické. Poslední kapi-tola teoretické části je věnována biosenzorům a jejich rozdělení se zvláštním zřetelem na biosenzory elektrochemické. Praktická část se zabývá konstrukcí a optimalizací biosenzoru od čištění elektrod, přes deponaci zlatých nanočástic, vazbu ssDNA, blokování volných vazebných míst, syntézu komplementárního řetězce až po výsledné měření a testování kvality. Předsta-ven je rovněž koncept inovativního biosenzoru, který nabízí jednodušší a spolehlivější alternativu při detekci genu TP53. V poslední kapitole této části jsou pak výše zmíněné výsledky zanalyzovány a komentovány.
|
|
|
Role genu WT1 a dalších molekulárně-biologických abnormalit u germinálních nádorů varlat
Bakardjieva - Mihaylova, Violeta ; Boublíková, Ludmila (vedoucí práce) ; Chovanec, Michal (oponent) ; Kiss, Igor (oponent)
Testikulární germinální nádory (TGN) jsou poměrně vzácné solidní nádory dospělých. I tak postihují více než 700 mužů ročně v ČR, přičemž se většinou jedná o mladé pacienty ve věku 18-45 let. Velká část pacientů je vyléčitelná kombinací operace a chemoterapie, přesto zhruba 50 mužů ročně v ČR tomuto nádoru podlehne, a to v naprosté většině případů následkem rozvoje rezistence na chemoterapii obsahující cisplatinu. Méně častý výskyt a vysoká kurabilita jsou patrně příčinou toho, že molekulárně biologické i klinické studie se u těchto nádorů provádějí relativně zřídka, a naše porozumění biologickým procesům vedoucím ke vzniku primárního nádoru a vývoji rezistence na cisplatinu (CDDP) je stále omezené. V současné době se v klinické praxi nepoužívají žádné specifické molekulárně-biologické vlastnosti TGN, které by mohly sloužit jako prognostické nebo prediktivní faktory a přispět k lepší stratifikaci pacientů a perzonalizaci léčby. V této práci jsme studovali molekulárně- genetické pozadí vývoje TGN a rezistence na CDDP na několika úrovních. Za účelem komplexního studia vzniku cisplatinové rezistence jsme se rozhodli připravit a sekvenovat CDDP-exponované TGN buněčné linie. Dlouhodobá expozice CDDP zvýšila rezistenci 10krát v buněčné linii NCCIT, zatímco u Tera-2 nebyla dosažena významná rezistence....
|
|
|
Vztah mezi genetickými polymorfismy DNA reparačních genů a jejich expresí u zdravé populace (s výhledem na stanovení u onkologických pacientů).
Hánová, Monika ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Bencko, Vladimír (oponent) ; Černá, Marie (oponent)
Odpověď na poškození DNA je komplexní systém, odpovědný za ochranu buňky proti vnitřním a vnějším vlivům poškozujícím DNA a za udržování integrity genomu. Mnoho genů, které se účastní signálních drah reagujících na poškození DNA, je polymorfních. Genetické polymorfismy v kódujících a regulačních oblastech mohou mít vliv na funkci proteinů, které tyto geny kódují. Fenotypový efekt jednonukleotidových polymorfismů (SNPs), je předmětem zkoumání v souvislosti se schopností buňky zvládat genotoxický stres a následně ve vztahu k riziku vzniku onkologického onemocnění. Cílem této práce bylo zhodnotit vztah mezi SNPs v genech zodpovědných za opravy poškození DNA (hOGG1, XRCC1, XPC) a genech buněčného cyklu (TP53, p21CDKN1A , BCL2 a BAX) a expresí na úrovni mRNA v lymfocytech periferní krve u subjektů exponovaných styrenu v pracovním prostředí a u kontrolních subjektů. Cíl byl rozšířen na analýzu vztahu mezi expresí uvedených genů na úrovni mRNA a markery expozice styrenu (koncentrace styrenu v krvi a ve vzduchu), markery poškození DNA (jednořetězcové zlomy - SSBs; místa specifická pro endonukleázu III - Endo III místa) a kapacitou bázové excizní opravy (BER) měřené pomocí míry opravy poškození DNA způsobeného γ-zářením a schopností opravovat oxidativní poškození. Studie na skupině zdravých jedinců...
|
|
|
Autoimunitní a lymfoproliferativní onemocnění: asociace a společné mechanismy
Dobiášová, Alena ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Hušáková, Markéta (oponent)
Autoimunitní a lymfoproliferativní onemocnění sdílejí určité etiologické mechanismy. Vznik obou chorob je složitý proces zahrnující nahromadění dědičných a somatických mutací v jediné hematopoetické buňce, která díky pozměněné aktivitě dokáže překonat různé body kontroly a omezení buněčného růstu i přežívání. Jedná se například o mutace v genech kódujících transkripční faktory, molekuly apoptických signalizačních drah, kostimulační molekuly a molekuly sekretované do extracelulárního prostoru. Všechny tyto molekuly ovlivňují rovnováhu mezi přežitím a programovanou smrtí buňky. Jejich deregulovaná exprese umožňuje buňce překonat obranné prvky imunitního systému. Mohou tak přežívat autoreaktivní i nádorové buňky, které by byly za normálních okolností selektovány. Tato práce nastiňuje vliv deregulované exprese vybraných molekul na vznik autoimunitních i lymfoproliferativních onemocnění. Klíčová slova: autoimunitní onemocnění, lymfoproliferativní onemocnění, etiologie, AIRE, c-MYC, TP53, FOXP3, Fas, PTEN, Bim, CTLA-4, CD5, CD30, CD40/CD40L, BAFF, α-taxilin, IL-10.
|
host ::
RSS.